One structural pair · five algorithmic lenses

同一個問題，方法看見的並不相同。

固定同一組雙結構域與鉸鏈案例，不換蛋白，只換方法。比較它們需要什麼、保留什麼、又會忽略什麼。

共用教學情境

teaching-hinge-r1 · 28 Cα-like points · two domains · one hinge · one perturbable tail

Method	核心表示	怎麼做決定	輸出	擅長	盲點
Kabsch 1976	已知的一組對應 3D 點	在固定點對上求最佳旋轉與平移	旋轉、平移與 RMSD	最佳化定義清楚，是其他方法反覆疊合的幾何核心	它不會替你找 residue 對應，也無法用一個剛體解決 domain motion
DALI 1993	結構內部的殘基距離矩陣	比較距離矩陣中的相容區塊	局部相似區塊與組合結果	對整體平移與旋轉天然不敏感	完整 DALI 搜尋與統計模型遠比本站示範複雜
CE 1998	可延伸的片段配對與單調路徑	依局部與整條路徑門檻逐步延伸	有順序限制的結構對應	把局部相似與全域路徑連起來	heuristic 可能錯過不是由當下最佳 seed 長出的解
FAST 2005	候選 residue pair 與彼此的相容關係圖	建圖、投票、淘汰，再用 DP 與精修串起來	paper-inspired 對應與專案分數	先大幅縮小候選空間，再做路徑搜尋	本站是 clean-room 教學實作，不是歷史 binary 復刻
TM-align 2005	目前疊合下的距離加權分數矩陣	疊合、評分、DP，再反覆更新	alignment 與長度正規化分數的教學解讀	比單看 RMSD 更能照顧整體覆蓋	本站的 TM~ 不是正式 TM-align TM-score

bibliography

Kabsch 1978 只確認可驗證的書目事實，不替沒有合法全文支持的技術細節補空白。